Đường ruột gần như là bộ phận quan trọng nhất của tôm vì cơ thể tôm có cấu tạo rất đơn giản, nên rất dễ mẫn cảm với mầm bệnh. Nhiều nghiên cứu khoa học đã chỉ ra rằng phần lớn các bệnh nguy hiểm như: phân trắng, hội chứng tôm chết sớm EMS, EHP...đều xuất phát từ đường ruột.